Struktur kepemimpinan STAI Nurul Huda Masykuriyah mengedepankan kepemimpinan transformatif yang mengayomi, profesional, dan berakar pada keteladanan para masyayikh:
Dr. H. Ahmad Masykuri, M.Pd.
Ketua STAI
H. Muhammad Zaini, M.Ag.
Wakil Ketua I (Akademik)